هوش مصنوعی ۳۶۰ هزار گره اثرگذار را در ژن ها شناسایی کرد
به گزارش لیمو بلاگ، پژوهشگران اولین نقشه کامل از چهارگانه های دی ان ای را ابداع کردند که رشته ای از چارچوب های گره مانند است و نقشی بزرگتر در کنترل خاموش و روشن کردن ژن ها دارد.
به گزارش لیمو بلاگ به نقل از اینترستینگ انجینرینگ، به صورت دقیق تر دی ان ای یک سیستم عامل مخفی را آشکار کرده که شبیه مارپیچ نیست. این کشف ادراک پژوهشگران از قوانین تنظیم کننده ژن ها در سلول های بیمار و سالم را تغییر می دهد.
گروهی از پژوهشگران بین المللی همچون دانشگاه HSE در این مطالعه شرکت نمودند. آنها یک چالش قدیمی را بررسی کردند که شامل اشکال چهارگانه ای بود که به سرعت تشکیل و ناپدید می شدند، به طوریکه می توانستند از ابزارهای سنتی نقشه کشی ژنوم فرار کنند.
تا به حال فقط بخشهایی از فعالیتهای آنها قابل مشاهده بوده است. محققان با بهره گیری از هوش مصنوعی بخشهایی از ژنوم را بازسازی کردند که این ساختارهای ناپایدار دی ان ای از آنجا به وجود می آمدند. نکته مهم تر آنکه آنها یک قاعده تعجب برانگیز کشف کردند که نشان میدهد چهارگانه ها به تنهایی عمل نمی کنند.
محققان برای اولین بار نشان دادند این چهارگانه ها بصورت جفت عمل می کنند و بخشهایی از نواحی آغازین ژن را به عنوان عناصر نزدیک دی ان ای که پروسه رونویسی را تقویت می کنند، پیوند می دهند.
چهارگانه ها زمانی تشکیل می شوند که مناطق غنی از گوانین در دی ان ای در لایه های رویهم قرار گرفته پیچیده می شوند و یک گره سه بعدی به وجود می آورند. این ساختارها مانند نشانه هایی عمل می کنند که پروتئین های تنظیم کننده فعالیت ژن را راهنمائی و آنها را به آدرس های ژنتیکی درست هدایت می کنند.
از آنجا که آزمایش های مختلف زیرمجموعه های مختلف از چهارگانه ها را جذب می کند، یک نقشه کامل تابه حال به وجود نیامده بود. پژوهشگران برای این منظور یک مدل زبانی ژنومیک به نام DNABERT را باردیگر بر طبق داده های مخصوص چهارگانه آموزش دادند.
ماریا پاپتسوا مدیر مرکز تحقیقات و فناوری پزشکی زیستی در دانشگاه HSE می گوید: ما در پژوهش مان DNABERT را بر طبق EndoQuad که بزرگترین مجموعه داده آزمایشی از چهارگانه های تأیید شده است، آموزش دادیم که این امر به ساخت مدل GQ-DNABERT منجر گردید. مدل مذکور توالی دی ان ای را ارزیابی می نماید تا مشخص شود چهارگانه ها در چه مکانی احتمال دارد تشکیل شوند.
این الگوریتم برعکس نمونه های ساده تر زمینه ی اطراف DNA را هم درنظر می گیرد که این تعیین می کند آیا یک توالی واقعا بشکل چهارگانه تا می شود یا خیر.
این قابلیت به تیم پژوهشی امکان داد تا حدود ۳۶۰ هزار چهارگانه را پیشبینی کنند که این رقم خیلی فراتر از آن چه بود که تنها با روش های آزمایشگاهی شناسایی شده بود.
مدل مذکور تأیید کرد که چهارگانه ها معمولا در پروموترها، یعنی نواحی شروع رونویسی ژن، ظاهر می شوند. اما یافته ای غیرمنتظره هم آشکار شد. تعداد زیادی از آنها در تقویت کننده های نزدیک شناسایی شدند که در واقع عناصری از دی ان ای هستند که فعالیت ژن را تقویت می کنند.
پژوهشگران دریافتند چهارگانه ها بیشتر اوقات به صورت هم زمان در پروموترها و تقویت کننده ها شکل می گیرند و ساختارهای جفتی می سازند که به صورت مشترک بیان ژن را تنظیم می کنند.
پژوهشگران جهت بررسی نقش زیستی آنها نقشه چهارگانه ها را بر داده های توالی یابی تک سلولی از شش نوع بافت مختلف همپوشانی کردند.
در بافت های سالم، این جفت های پروموتر–تقویت کننده با ژن هایی مرتبط بودند که نقش های اختصاصی بافتی داشتند؛ مانند عملکردهای عصبی در مغز، پاسخ های ایمنی در خون، و فعالیتهای اپی تلیالی در روده.
اما سلول های توموری داستان کاملا متفاوتی داشتند. در صورتیکه تعداد جفت های چهارگانه تقریبا مشابه باقیمانده بود، ژن های تحت کنترل آنها به صورت قابل ملاحظه ای بسمت برنامه های رشد عمومی تغییر جهت دادند
به طور خلاصه، آنها یک چالش قدیمی را بررسی کردند که شامل اشکال چهارگانه ای بود که به سرعت تشکیل و ناپدید می شدند، به طوریکه می توانستند از ابزارهای سنتی نقشه کشی ژنوم فرار کنند. تابحال فقط بخشهایی از فعالیت های آنها قابل مشاهده بوده است. از آنجائیکه آزمایش های مختلف زیرمجموعه های مختلف از چهارگانه ها را جذب می کند، یک نقشه کامل تابه حال به وجود نیامده بود.
منبع: limooblog.ir
این مطلب لیمو بلاگ را می پسندید؟
(1)
(0)
تازه ترین مطالب مرتبط در لیموبلاگ
نظرات بینندگان لیموبلاگ در مورد این مطلب